凍干機運行中，由于第二階段干燥期間冷阱所需的冷量比第一階段干燥的少得多，因而會出現冷量過剩，冷阱盤管出口過熱度很小，即使在升華干燥階段，為了充分利用凝結面積捕捉水蒸氣，冷阱盤管出口過熱段也取得很小，這樣回氣中夾帶未蒸發的液滴，若直接進人壓縮機，則可能產生液擊而損壞壓縮機，因此在吸氣管道上設置氣液分離器。

氣液分離器的結構如圖5-20所示。從蒸發器出來的回氣由分離器的進氣口進入分離器，由于氣流速度的減小和氣流方向的改變，使氣流中的液滴分離出來并聚積于容器底部，通過容器壁吸收環境的熱量而氣化，再從出口被壓縮機抽走。當集液高度超過壓縮機抽氣管上的小孔A時，由于管內氣流速度高，故壓力比管外小，液體或液面上的油就會在此壓差作用下，通過小孔噴射霧化帶回壓縮機吸氣口。