1)轉子加工困難。轉子的加工精度要求高，加工比較困難，需要專用設備。

2)輔助設備龐大。對于噴油的螺桿式壓縮機，為了分離排氣中的潤滑油，需要有體積大、結構復雜、效率高的油分離器和回油裝置。

3)噪聲大。由于轉子齒槽周期性地高速通過吸、排氣孔口，以及通過縫隙的泄漏等原因，噪聲較大。一般如果機房里設置的都是螺桿式制冷壓縮，則機房不要緊靠主庫或其他車間，最好應離開其他建筑物單獨布置，消聲相對較好。最好機房與設備操控室做消聲隔開設置，以減少對操作人員的噪聲干擾。

螺桿式制冷壓縮機目前適用于氟利昂空調以及單級、雙級(-40℃)系統中。在大、中型(制冷量在350kW/h以上)的場合，優點較突出。